El asentamiento original de la ciudad se encontraba en una depresión en forma de tazón en la zona alta del río Choluteca, muy cerca de la convergencia de tres pequeños ríos. La plaza central de esta ciudad se encuentra a unos 935 metros sobre el nivel del mar y a unos 220 metros debajo de una meseta circunvalar.
En el año 1592 los franciscanos fundaron su convento y posteriormente, exactamente un lustro después, los mercedarios. Juan Ayala en su reporte de 1611 dejó escrito que “Teucigalpa” era un poblado habitado casi por indígenas, con sacerdotes, los cuales se los administraban a los mineros.
Gracias al importante éxito y al revulsivo que significó la minería, pronto llegaron las primeras recompensas por parte de la corona española. En 1608 el rey crea la Alcaldía Mayor de Tegucigalpa, la cual llega a expandir el control político que incluía el sur de la provincia hasta la zona de Choluteca, haciendo más grande la jurisdicción.
Uno de los primeros planos de la ciudad
En 1801 Ramón de Anguiano hizo un censo donde Tegucigalpa contaba con 86 familias españolas, 507 familias ladinas y 81 “almas” de indios. Por su parte, el poblado indígena de Comayagua adyacente a Tegucigalpa contaba con 1.062 almas, sumando entre los dos lugares un total de 4.600 personas, aumentando a 5.500 veinte años después.
Durante gran parte del siglo XIX la rivalidad existente entre Tegucigalpa y Comayagua hizo que existiese una importante inestabilidad, provocando un cambio en la capital en varias ocasiones. Finalmente ambos lugares fueron unidos formalmente y los censos poblacionales están bajo la misma designación.
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