Le principal fleuve africain est le Nil, qui détient le record du deuxième plus long fleuve du monde. Il est né au Burundi et possède deux principaux affluents, le Nil Blanc et le Nil Bleu. Le premier traverse la région des Grands Lacs africains, du Rwanda, en passant par la Tanzanie, l'Ouganda et le Soudan. Le second passe par l'Éthiopie et le Soudan.
Aux environs de Khartoum, la capitale soudanaise, les canaux se rejoignent et commence la partie nord du fleuve, qui traverse le Soudan et l'Égypte. La civilisation égyptienne dépend de l'eau du fleuve pour son développement depuis l'époque pharaonique et, aujourd'hui encore, les principales villes du pays sont situées dans la vallée du Nil et en dépendent pour leurs projets d'irrigation tels que le barrage d'Assouan. Son embouchure forme un delta, déposant ses eaux dans le Méditerranéen. Son bassin hydrographique couvre environ 10% de la surface africaine.
Le deuxième fleuve le plus important du continent est le Congo. Il a une longueur de plus de quatre mille kilomètres. Ses eaux et affluents traversent la deuxième plus grande forêt tropicale du monde après l'Amazonie. Brazzaville, la capitale de la République du Congo, et Kinshasa, la capitale de la République démocratique du Congo, sont situées sur les rives du fleuve, qui est facilement navigable notamment dans le tronçon entre ces deux villes. Il se jette par un estuaire dans l'Atlantique.
Le fleuve Niger, en Afrique de l'Ouest, dépasse également quatre mille kilomètres de longueur. Il est né en Guinée et voyage à travers le Mali, le Niger, le Bénin et le Nigéria, se déversant dans un grand delta de l'Atlantique. Il est navigable dans certaines zones, devenant un moyen de transport efficace entre les pays qu'il traverse. Bamako, la capitale du Mali, est un pont fluvial sur le Niger.
Le fleuve Zambèze est situé au sud du continent. C'est un peu plus de 2500 kilomètres de long. Il est né en Zambie, traversant l'Angola, le Zimbabwe et le Mozambique, où il se jette dans l'océan Indien formant un immense delta. Son cours est parfois interrompu par des rapides et des cascades, il n'est donc navigable que par petites sections. Les plus grandes interruptions de son parcours sont les chutes Victoria, les plus grandes du monde et déclarées site du patrimoine mondial par l'UNESCO. Ses eaux sont également utilisées pour produire de l'électricité.
En Afrique du Sud, le fleuve Limpopo, long de 1600 kilomètres, traverse ce pays et le Mozambique pour enfin déposer ses eaux dans l'océan Indien.
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